Die Geschichte des Johanniterkellers lässt sich bis ins 13. Jahrhundert zurück verfolgen. Damals besassen viele Schweizer Klöster und Abteien Weingüter am Bielersee. Das Haus vor der Twanner Kirche gehörte dem Johanniterorden. 1528 wurde es vom Staat Bern säkularisiert.

Als Mitte des 19. Jahrhunderts die neue Staatstrasse am See entlang geführt wurde, verkaufte der Kanton das Gut an die Familie Hubacher.

1945 verkauft Fritz Hubacher erstmals einen Wein unter dem Namen Johanniter.
1994 übernimmt Martin Hubacher den Betrieb von seinem Vater.
2008 wird der Verkaufssraum umgebaut. Seither können unsere Weine in einem Ambiente degustiert werden, das unseren Vorstellungen entspricht.
2009 erfolgt der Neulandantritt im Rahmen der Rebgüterzusammenlegung. Jetzt stehen die Reben des Johanniterkellers auf nur noch fünf grösseren Parzellen statt 35 kleinen.